La chiesa di Sant’Agostino, di proprietà del Comune concessa in uso alla parrocchia di Sant’Agostino e San Barnaba, è di origine trecentesca ma è stata modificata in modo significativo nel Seicento quando, in occasione della morte del padre (Francesco I), il duca Alfonso IV decise di trasformarla nel pantheon di Casa d'Este.
Ha una dimensione di 80 per 20 metri ed è a navata unica, con copertura a capanna. La struttura a doppie mura presenta, tra il paramento murario esterno che sorregge la copertura e le pareti interne, una intercapedine di circa 40 centimetri: le mura seicentesche sono state cioè costruite all’interno della precedente chiesa. Il soffitto a capriate già presente venne rialzato e il suo legname fu reimpiegato per creare la struttura di supporto del soffitto a lacunari. I cassettoni del controsoffitto ospitano dipinti che raffigurano l'apoteosi di alcuni santi. I sei principali, realizzati in cannicciato di gesso, ospitano, a partire dall'ingresso della chiesa, raffigurazioni di S.Margherita di Ungheria, Gloria di S.Enrico imperatore, Beata Beatrice d'Este al cospetto di Cristo, Cristo in gloria affiancato dalla Vergine e da S.Agostino, S.Benedetto da Norcia e gloria di S.Domenico di Guzman.
Nel 1338 vennero iniziati i lavori di costruzione della chiesa, in sostituzione di una precedente costruita a partire dal 1292 e probabilmente mai completata. L’edificio rappresenta il nucleo principale di quella tutt'ora esistente: i lavori si protrassero per lungo tempo e furono numerose le modifiche apportate, che fecero superare ampiamente i tempi previsti. Il terremoto che nel 1501 colpì la città di Modena arrecò gravi danni anche alla chiesa appena ultimata, che tuttavia fu prontamente riparata per permettere lo svolgimento delle attività di culto.
L’attuale conformazione della chiesa risale ad un progetto del 1659. I lavori di trasformazione in Pantheon iniziarono nel 1660 e, nonostante la morte di Alfonso IV (1662) proseguirono sotto la direzione della consorte duchessa Laura Martinozzi, che chiese anche il contributo dell'intera città. Il 12 ottobre 1670 la chiesa venne riaperta ai fedeli e consacrata.
L'impianto architettonico fu ideato dall'architetto di Corte Gaspare Vigarani che, prima della sua morte, nel 1663, trasmise l'incarico al capo mastro Beltrami (o Baltrami); tuttavia la Corte preferì rivolgersi ad un artista bolognese di fama, Giovanni Giacomo Monti (1620-1692).
Su progetto del Monti il consigliere di Corte Domenico Gamberti affidò il cantiere ai maestri architetti Giovanni Pietro Piazza e Antonio Maria Costa. Lo scrittore d'arte, Francesco Milizia, attribuisce l'ideazione dei dipinti che caratterizzano il soffitto al maestro bolognese Baldassarre Bianchi, che diresse i vari pittori incaricati del decoro.
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